Kolejną postacią, którą spotykamy, jest Emil. Jest to młody chłopak, który mieszka w starym dworze wraz ze swoim lokajem, Sebastianem. Emil posiada pewną niewyobrażalną moc, która nie pozwala prowadzić mu normalnego życia. Każdy, na kogo spojrzy, zamienia się w kamień. Nie jest on jednak postacią, która nadużywałaby tak potężnej mocy. Chłopak ciągle chodzi w czarnej opasce na oczach i spędza całe dnie w swojej posiadłości, by nie zrobić przez przypadek komuś krzywdy. Zaprzyjaźnia się jednak bardzo szybko Nierem i Kaine, zaczyna ich traktować jak starszego brata i siostrę. Ogarnia go ogromna radość, że ktoś jest w stanie zaakceptować go takim, jakim jest i jest w stanie dostrzec jego dobre strony. Momentem można by rzec kulminacyjnym dla ich znajomości, jest atak cieni na wioskę Nier’a. Po wielu zaciętych walkach, został tylko jeden stwór w bibliotece stojącej tuż obok jego domu. W trakcie starcia ogromne monstrum zostaje wepchnięte przez bohaterów na niższy poziom biblioteki, gdyż walka z nim była z góry skazana na porażkę. Jednak by nie pozwolić mu się wydostać, należało podjąć kolejne desperackie kroki. Kaine rozkazuje Emilowi, by ten ją spetryfikował, zatrzymując dzięki temu bestię. Emil nie ma innego wyboru. Chwilę po tym w bibliotece pojawia się władca cieni, Shadowlord wraz z Grimoire Noir, który zabiera Yonah ze sobą, zostawiając obojga w rozpaczy.
Kolejna część historii rozpoczyna się pięć lat później głównie z inicjatywy Emila (Nier cały czas za wszelką cenę stara się odnaleźć córkę, ale nie za bardzo mu to wychodzi). Chce on odnaleźć lekarstwo na petryfikację Kaine w podziemnych laboratoriach swojego dworu (tam, gdzie znajduje się Halua). Emil na miejscu przypomina sobie, że na nim również przeprowadzano eksperymenty, i jest on No.7, mającym za zadanie powstrzymać swoją siostrę, gdyby udało jej się w jakiś sposób wyrwać ze swoich więzów. Misja, którą wyznaczył sobie Emil, kończy się sukcesem. Przez połączenie się ze swoją siostrą (po walce) nie dość, że odzyskuje wzrok, to na dodatek uzyskuje moc manipulowania magią oraz umiejętność odwrócenia stanu Kaine. Ponownie jednak wszystko ma swoją cenę. Chłopak staje się lewitującym, strasznym stworem z długą magiczną różdżką oraz zakrywającą jego ciało peleryną. Przejął formę po swojej siostrze oraz zapłacił naprawdę ogromną cenę za chęć pomocy swojej przyjaciółce, jak i przyjacielowi w uratowaniu córki. Na początku Emil wstydzi się swojego wyglądu, nie chce się odwrócić, myśli, że nikt go takiego nie zaakceptuje. Jadnak słowa otuchy i aprobaty sprawiają, że jest w stanie w końcu zaakceptować samego siebie. Jeszcze jednym z ważnych fragmentów dotyczących jego historii, był powrót do wioski Kaine. Nier otrzymał list, według którego wioska ta otworzyła się na innych + powstało tam… centrum handlowe. Gdy nasi bohaterowie przychodzą to sprawdzić, a Nier mówi do jednego z mieszkańców, że chce zniszczyć wszystkie cienie, cała wioska staje się właśnie nimi. Po zabiciu z setki ludzi na horyzoncie nagle pojawia się kolejny ogromny stwór. Po jego pokonaniu Emil przestaje kontrolować swoje nowo uzyskane moce, niszczy całą wioskę, pozostawiając po niej jeden wielki krater. Kolejny raz popada w rozpacz i nie może się pogodzić z tym, co zrobił.
Ostatnim głównym wątkiem w grze jest odnalezienie trzech kluczy niezbędnych, by dotrzeć do Shadowlorda i go pokonać. I tutaj robi się naprawdę ciekawie.
Na drodze do pokonania Shadowlorda bohaterowie zmuszeni są zmierzyć się z jeszcze jedną parą przeciwników -Devolą i Popolą. W trakcie krótkiej wymiany zdań okazuje się, że tak naprawdę są one androidami, nadzorującymi od tysięcy lat Projekt Gestalt/Replikant. Ich zadaniem było dopilnować, by wszystko potoczyło się zgodnie z planem, jak i nadzorować kolejne eksperymenty m.in. całą naszą gromadę. To właśnie one, wraz z Grimoire Weiss i Grimoire Noir miały przywrócić ludzkie dusze do swoich Replikantów. Ich zadanie dotyczyło również zbierania informacji z dusz Gestaltów, tworzenie (!) nowych Replikantów, jak i zwracanie danych z martwego Replikanta do odpowiedniego Gestalta. Właściwie to dzięki nim ludzkość była w stanie tyle przetrwać. Jednak teraz są zmuszone zatrzymać Nier’a, bo jeśli ten przedostanie się dalej, cały projekt, jak i ludzkość zostaną unicestwione. Ale na tym świecie nie ma już słów, które przemówiłyby do Niera, liczy się tylko jego córka. Pierwsza pokonana zostaje Devola, która umiera w ramionach swojej siostry.
Gdy do Popoli dociera, co się właśnie stało, wpada w szał a słowa Niera nie są wstanie jej uspokoić.
Popola grozi zniszczeniem wszystkiego i wszystkich, uruchamiając po chwili swój niszczycielski cios. Na ratunek przychodzi Emil, który wrzuca przyjaciół w specjalną kulę, odpychając ich od niego i przyjmując śmiertelne uderzenie na siebie. Pod koniec gry jesteśmy świadkami, jak sama jego głowa skaczę przez pustynię w poszukiwaniu Kaine i Niera.
Nadszedł czas na władcę Cieni Shadowlord. To właśnie on jest szukanym przez naukowców oryginalnym Gestaltem. To właśnie on zachował świadomość po rozłączeniu duszy od swojego ciała. I to właśnie on, jak się okaże, jest kluczem do uratowania ludzkości. Będąc oryginalnym Gestaltem, jest on w stanie kontrolować cienie, zatrzymać je przed wejściem w stan relapse. Można by powiedzieć, że jest on władcą marionetek. Żeby jeszcze wszystko bardziej skomplikować, jest on również tym Nier’em, którym kierowaliśmy od samego początku gry, a jego cel jest taki sam, jak naszego Replikanta -uratować swoją córkę Gestalt Yonah.
Z jednej historii dowiadujemy się, że…to właśnie on, dawno temu przeszedł przez Projekt Gestalt by chronić Yonah oraz jako pierwszy zachował świadomość po przejściu przez ten proces. Gdy informacja ta dotarła do Organizacji Oczyszczenia Świata, uznano go za ustabilizowany przypadek oraz nazwano oryginalnym Gestaltem. Stwierdzili oni również, że zamrożenie ciała Yonah na 1000 lat uchroni ją przed zrelapsowaniem. Poprosili o pozwolenie na użycie na niej (jego) demonicznego elementu, który pozwala zachować świadomość i chroni przez relapsem u osób innych niż on sam. Shadowlord z czasem zrozumiał jednak, że nawet po tysiącu latach nie ma możliwości uratowania jego córki, ponieważ Replikanty zdołały stać się świadome. W ogromnym gniewie i siłą rozpaczy postanawia przywrócić duszę córki do odpowiadającego jej Replikanta i uratować ją przed śmiercią.
Nasz Replikant, nawet z całą zdobytą wiedzą, postanawia zabić oryginalnego Gestalta. Jednak zanim to zrobi, jego córka stwierdza, że słyszy jak Replikant Yonah woła swojego tatę i że nie jest w stanie wrócić do tego ciała. Wtedy zrozpaczony ojciec, Shadowlord, postanawia walczyć z Replikantem o to co dla niego najważniejsze. Replikant Nier zabijając Shadowlorda, jak i Devolę i Popolę sprawił, że Projekt Gestalt/Replicant upadł, skazując ludzkość na wyginięcie. W skutek relapsu wszystkie dusze pogrążą się w szaleństwie, a Replikanci, bez możliwości rozmnożenia jak i ponownego stworzenia, skazani są na śmierć poprzez Black Scrawl.
Istnieje jednak cień szansy na odnalezienie kolejnego oryginalnego Gestalta.
Kanonicznym zakończeniem dla Nier: Automata jest ścieżka D, w trakcie której gracz poświęca się dla Kaine. Nasze save’y zostaną usunięte, Nier znika, a Yonah dziękuje stojącej obok Kaine za uratowanie życia. W tym samym momencie na Ziemię upada Lunar Tear, po którego podniesieniu Kaine ma delikatne przebłyski dotyczące Nier’a i mówi, że znalazła coś wyjątkowego.
PS. W trakcie gry jeszcze przed 5-laty trafiamy także do królestwa Facade znajdującego się na pustynii. Charakteryzuje się ono tysiącem przestrzeganych zasad, specyficznym wyglądem jego mieszkańców (wielkie maski) oraz intrygującą budową. Kaine ku zaskoczeniu wszystkich, jest w nim ciepło przyjmowana za uratowanie dziewczyny imieniem Fyra. Główny wątek natomiast krąży wokół młodego króla, który po śmierci swojego ojca w skutek Black Scrawl, chce odzyskać utracone zaufanie. By to zrobić, wchodzi do świątyni Barren, żeby uzyskać maskę króla. 5 lat później okazuje się godnym tronu władcą i zamierza poślubić uratowaną przez Kaine, Fyrę. Zostaje ona jednak zabita przez watahę wilków w trakcie ceremonii, które zemściły się za niedawne zabicie przez króla i jego żołnierzy wielu młodych wilków, by mieć z nimi spokój w szczególności w ten dzień. Pogrążony w załobie władca, wbrew przepisom wyrusza wybić wszystkie pozostałe wilki. Król umiera dopiero w zamku Shadowlorda, gdy wraz ze swoimi ludźmi przejmują na siebie nieśmiertelnego dzika, pozwalając Nier’owi podążać w jego głąb. Wątek ten, choć niezbyt znaczący dla całości Automaty, w pewnym momencie na pewno wpłynie pozytywnie na odbiór kilku questów.
