Historia pierwszego Nier’a rozpoczyna się w roku 2049 r ukazując nam walkę o przetrwanie dwóch postaci, w świecie po drastycznych zmianach jakie zaszły w skutek działania WCS. Miasto, w którym się znajdują, Shinjuku w Tokio, zostało odcięte od świata, stając się przy tym dzielnicą śmierci. Pierwszą z postaci jest Nier, dojrzały mężczyzna oraz jego córka Yonah. Gdy Nierowi kończy się jedzenie, które mógłby jej przekazać, zupełnie przez przypadek natyka się na 'Salvation Support Plan’ mający oferować pożywienie i opiekę medyczną. Jednak w świecie pogrążonym w kryzysie, nie ma nic za darmo. Placówka, do której się wybrali, była tak naprawdę centrum eksperymentów, w którym pracowano nad Oryginalnym Gestaltem, który miał zachować swoją świadomość nawet po przejściu przez proces rozdzielenia duszy od ciała. Zamiast jedzenia otrzymali tam klony Grimoire Noir. Były to księgi, które zmuszały ludzi do stania się Gestaltami. Nier w idealnym momencie zorientował się, że coś jest nie tak. Po chwili otaczająca ich garstka ludzi po dotknięciu ksiąg natychmiast przemieniła się w zrelapsowane Gestalty, zmuszając bohaterów do ucieczki z placówki.
Oboje postanawiają skryć się w jednym z miejskich sklepów, nie mając za bardzo pomysłu, jak wyjść z tej sytuacji. Yonah na dodatek z każdą chwilą coraz mocniej kaszle, co wskazywało na rozwijającą się chorobę. Jakby tego było mało, nagle przed sklepem pojawiają się agresywne Gestalty, chcące pozbawić ich życia. NieR postanawia odeprzeć atak, jednak przeciwników jest zbyt wielu. Zostaje zmuszony do sięgnięcia po ostateczne rozwiązanie. W trakcie walki tajemnicza księga leżąca obok jego córki, Grimoire Weiss, ciągle oferuje mu swoją pomoc, za którą będzie zmuszony jednak ponieść ogromną cenę. Mianowicie będzie musiał mu oddać swoją duszę, stać się Gestaltem. Nier był gotów zrobić wszystko by uratować córkę, zgodził się więc na pakt z tą tajemniczą postacią. Gdy po walce zaczynamy odnosić wrażenie, że wszystko będzie w porządku, Yonah jeszcze bardziej pogrąża się w chorobie, a z czasem dowiemy się, że również ona dotknęła księgi. Tak zaczyna się pierwszy Nier.
Następnie jesteśmy przeniesieni 1312 lat w przyszłość, do tajemniczego świata, w którym również mamy postać Niera oraz jego córkę chorującą na tajemniczą chorobę. Wydarzenia w tym czasie toczą się w głównej mierze w skromnej wiosce oraz w już opustoszałym, zrujnowanym świecie. NieR poszukując ciągle lekarstwa na przypadłość córki, codziennie wykonuje zlecenia zdawałoby się znacząco przewyższające jego możliwości. Przyjmuje je od Devoli i Popoli, uznawanych za najmądrzejsze persony w osadzie. Bohater wierzy, że dzięki ich wiedzy i swoim czynom, zdoła pomóc córce. Pewnego razu NieR opowiada Yonah historię o kwiecie zwanym Lunar Tear, który według opowieści potrafi spełnić jedno życzenie. Następnego ranka Yonah nie ma już w swoim łóżku, w którym spędzała całe dnie z nakazu Niera. Ojciec dowiadując się, że Popola w trakcie rozmowy z nią wygadała się, gdzie może rosnąć taki kwiat, natychmiastowo wyrusza na poszukiwania. W trakcie przeszukiwania zaginionej świątyni, w której powinien rosnąć Lunar Tear, NieR odnajduje Grimoire Weissa, potrafiącego władać magią za pomocą „słów”. Łącząc siły z księgą, NieR po pokonaniu dwóch ogromnych maszyn chroniących Yonah na swoistym ołtarzu, odzyskuje swoją córkę. Okazuje się jednak, że pojawił się u niej Black Scrawl. Prawdziwa Yonah zaczyna się upominać o to, co jej.
Jeśli ktoś właśnie się zgubił w tym momencie, to już szybko co nieco wyjaśniam. Nier, którego losów jesteśmy świadkami jest Replikantem. Tak samo Yonah, jak i cała wioska, w której żyją. Wszyscy z nich to Replikanci, którzy wkrótce powinni pozwolić Gestaltom na powrót do własnego ciała, powrotu do życia. Jednak przez ukształtowanie przez Replikantów własnego Ja, nie jest to możliwe. Jeśli Gestalty nie wrócą do własnego ciała, to grozi to końcem ludzkości. Replikanci wbrew pozorom nie są w pełni ludźmi, ponieważ żaden z nich nie może się rozmnażać. Błąd, który nie został zniwelowany ponad 1300 lat temu teraz może się zemścić, przyczyniając się do wymarcia ludzi, tych prawdziwych.
Następnym elementem fabuły jest wyruszenie Niera wraz Grimoire Weissem w poszukiwaniu siedmiu tajemnych wersów. Nier ma nadzieję, że odnalezienie ich pozwoli zniszczyć ciemność i uratować jego córkę. Napięcie rośnie. W trakcie wędrówki jako pierwszą spotykają Kaine, kobietę o wyjątkowo ciętym języku i naprawdę dramatycznej przeszłości. Kaine jest pół człowiekiem, pół cieniem, a bandaże, które nosi, zakrywają jej przemienione części ciała. Jakby tego było mało, według Yoko Taro, gestalt Kaine oryginalnie nie była interseksualna i miała męża, ale jej Replikant stał się taki przez wspomniany na początku tekstu błąd w Projekcie Gestalt. Jej hybryda sprawiła, że stała się wyrzutkiem i była nękana przez inne dzieci w wiosce, kawałek oddalonej od wioski Niera. Jedyną osobą, która okazywała jej miłość i uznawała za kobietę, była jej babcia o imieniu Kali. Babcia wbrew pozorom rzucała mięsem równie sprawnie, dzięki czemu kobiety świetnie się ze sobą dogadywały. Gdy pewnego razu, Kaine wracała do domu z wyjątkowo marnym zbiorem owoców, przed oczami ukazał jej się widok jak z najgorszego koszmaru. Jej dom stał w płomieniach, a Kali została przygwożdżona przez ogromnego stwora, Hook’a, który w sadystyczny sposób radował się z ich cierpienia. Jeśli zagracie w tę grę, tego fragmentu nie zapomnicie nigdy. Kali, po wybuchu gniewu Kaine i jej desperackiej próbie zabicia stwora, zostaje zgnieciona. Jedyną myślą, która kłębiła się po tym w jej głowie dziewczyny, była zemsta, co miało swoje konsekwencje. Chwilę po starciu Kaine zostaję opętana przez Tyranna, dającego jej ogromną moc i umiejętność słyszenia głosów zrelapsowanych Gestaltów. Oczywiście miało to swoją cenę. Tyrann tworzy z nią pakt, który jest wyjątkowo prosty i okrutny w swoim założeniu. Otóż jeśli Kaine nadal będzie wszystkich nienawidzić i zabijać, Tyrann nie przejmie jej ciała, ale jednak gdy tylko wyczuje w jej sercu jakąś zmianę, uczucie sympatii, przyjaźni, natychmiast przejmie nad nią kontrolę. Stąd ciągłe jej trzymanie się na dystans i agresywna postawa. Głównym wydarzeniem, które przyłączy ją do wędrówki Nier’a, jest wspólne pokonanie wspomnianego stwora.
